A região de "Cassaquera" abrigava um povoamento bastante disperso, cuja existência estava diretamente relacionada ao caminho que ligava a então Vila de São Paulo ao litoral e que, atravessando o território, passava nas vizinhanças do atual leito ferroviário, às margens do rio Tamanduateí. Com o tempo, a localidade tornou-se passagem obrigatória para os povoados de Pilar e São Bernardo. O povoado de Pilar desenvolveu-se ao redor da Capela de Nossa Senhora do Pilar, construída em 1714, no atual Pilar Velho – Ribeirão Pires. Esse povoado também estava à beira de outro caminho que conduzia para a Vila de Mogi das Cruzes através dos campos de Taiaçupeba e Guaió.
Em 1856 foi aprovado o decreto que permitiu a formação de uma companhia para a construção da estrada de ferro Santos/Jundiaí. A participação do Barão de Mauá na fase de construção da ferrovia foi intensa, fato ilustrado pela frequência com que sua presença era exigida durante as obras. Foi por essa razão, aliás, que ele adquiriu, em 1862, uma fazenda localizada no atual município de Mauá. Tal fazenda pertencia ao Capitão João e possuía uma casa grande na qual o Barão teria morado e hoje abriga a Casa da Cultura e o Museu Barão de Mauá.
O crescimento da então chamada Vila do Pilar motivou a Superintendência da São Paulo Railway Company a instalar uma estação da ferrovia na localidade. Em 1883 foi inaugurada a então Estação do Pilar, toda construída em madeira, que viria a representar importante papel no processo de industrialização do futuro município. Em 1926 a Estação do Pilar passou a chamar-se Estação Mauá.
Em 1938 Mauá foi de fato integrada ao município de Santo André. Em 1943, tanto no então Distrito de Mauá, quanto nos demais distritos de andreenses (Ribeirão Pires, São Bernardo e Paranapiacaba), já se falava do desejo de emancipação. O plebiscito que permitiu a população optar pela autonomia do distrito ocorreu em 22/11/1953. A efetiva instalação do município e posse do prefeito, vice-prefeito e vereadores eleitos em 1954 se deu em 1º de janeiro de 1955. O aniversário de Mauá é comemorado no dia 8 de dezembro, dia de Nossa Senhora da Imaculada Conceição, que é a padroeira da cidade. Em 08/12/2011 Mauá comemorou 57 anos de existência como município.
No início do Século XX surgiram as primeiras indústrias no povoado do Pilar: Moagem de trigo Norza e Rosazza (antecessora da moagem de sal do Matarazzo); fábrica de louças Viúva Grande e Filhos, mais conhecida como Fábrica Grande (a primeira do ramo na localidade); e a cerâmica (produtora de tijolos e telhas) e a serraria de Bernardo Morelli. Até então predominavam as atividades de extração de lenha e carvão, bem como as olarias e as pedreiras. A industrialização começou em torno da estação. A cerâmica e a serraria de Bernardo Morelli ficavam do lado de baixo, em terras ricas em argila. A moagem de trigo Norza e Rosazza ficava do lado de cima da estrada de ferro. Um pouco mais distante da estação ferroviária ficava a Fábrica Grande (estrada do Corumbé, atual Avenida Presidente Castelo Branco), porém podia-se chegar a ela a pé em poucos minutos. Outra fábrica de louças, a Paulista, instalou-se não muito longe da Estação do Pilar, na antiga estrada das pedreiras, hoje Avenida Barão de Mauá. O desenvolvimento socioeconômico de Mauá está intimamente ligado ao da região do Grande ABC e à antiga Estrada de Ferro Santos-Jundiaí, que atravessa a cidade. Inaugurada em 1867, a ferrovia impulsionou o desenvolvimento regional ao permitir o escoamento da produção para a capital do Estado e para o porto de Santos. Foi, portanto, um dos fatores de atração para as primeiras indústrias da região. Entretanto, no caso de Pilar, hoje Mauá, houve também um outro importante fator: o solo apropriado para a atividade ceramista. Tal solo era rico em argila branca, ideal para a fabricação de cerâmica e porcelana. Das primeiras fábricas de louças até 1943, data da criação da Porcelana Real, hoje Porcelana Schmidt a importância do setor ceramista e de porcelana foi crescente. O fato de ter sido grande produtor do ramo levou o município a ser chamado de "cidade porcelana". (MÉDICI, 1982). Na década de 50 do século passado, iniciou-se em Mauá a implantação do parque industrial mecânico e metalúrgico (notadamente de autopeças), químico e petroquímico. A chegada da indústria petroquímica na cidade, marcada pela inauguração, em 1954, da Refinaria e Exploração de Petróleo União S/A, que viria a ser a Refinaria de Capuava – Recap, coincidiu com a emancipação político-administrativa de Mauá, até então distrito do município de Santo André. O setor industrial continua sendo o que mais gera empregos formais e contribui com a arrecadação de impostos. Ainda hoje há a predominância das indústrias químicas, petroquímicas, mecânicas e metalúrgicas. As indústrias de maior porte estão situadas nos Pólos Petroquímico de Capuava e Industrial de Sertãozinho. Atualmente, a questão do desenvolvimento econômico e social sustentável da cidade ocupa lugar central na definição das políticas públicas voltadas para a promoção do desenvolvimento local. A atuação do poder público, por meio de reformas na legislação, da reforma administrativa e de políticas públicas, é imprescindível para a deflagração, disseminação e manutenção de um processo de desenvolvimento sustentado, que permita a superação das enormes carências sociais ainda existentes na cidade.